Adiacente all'ex monastero benedettino c'è la sua chiesa, che ha l'ingresso principale nella via Mazzini ed uno secondario nella piazza del Plebiscito.
Questa chiesa è il santuario di città della Patrona di Calatafimi Maria Santissima di Giubino.
Nel 1655 un'invasione di cavallette stava distruggendo i raccolti in tutto il territorio di Calatafimi, il popolo si riunì nella Chiesa Madre, e lì fu deciso che, dopo avere messo dentro un' urna i nomi di tutti i Santi che avevano un altare nelle chiese del paese, sarebbe stato scelto come patrono quello estratto; invocato lo Spirito Santo, venne sorteggiato il biglietto con il nome di Maria SS.ma di Giubino. Così la parte centrale del trittico con l'immagine della Vergine fu in tutta fretta tolta dalla parete in cui era murata nella chiesa campestre di Giubino, e portata in processione. Per miracolo il territorio di Calatafimi fu libero dalle cavallette.
Questa chiesa fu costruita nel 1721, su disegno dell'architetto Giovanni Biagio Amico, per sostituirne un’altra del 1573, più piccola e corrispondente almeno in parte all’attuale sacrestia. È una piccola chiesa, alta e slanciata, ad un’unica navata. Nel vestibolo, sulla parete destra il dipinto rappresenta sulla parte superiore la Madonna degli Angeli e ai suoi piedi i Santi Giovanni Battista, Placido, Benedetto, Mauro e Caterina d’Alessandria, sulla parte sinistra Santa Maria Maddalena. Continuando sul lato destro della navata San Benedetto salva il piccolo Placido. Sopra l’altare maggiore è esposto al culto il trittico marmoreo di Maria Santissima di Giubino, Patrona di Calatafimi. Al centro la Vergine, scolpita in posizione seduta, tiene in braccio il Bambino. A destra e a sinistra San Michele Arcangelo e San Francesco. Il trittico poggia sopra una base istoriata da tre bassorilievi che rappresentano San Michele Arcangelo con altro Angelo che scaccia i demoni, alla destra, il transito di Maria Santissima al Cielo, al centro, ed a sinistra San Francesco che riceve le stimmate con le meraviglie di frate Leone, ne chiudono gli estremi due scudi crociati. Alle pareti dell’abside Maria Santissima della Misericordia, San Benedetto riceve la musica di Totila, Alessandro Magno con il sommo Sacerdote, Ester ed Assuero. Sul lato sinistro della navata: Nozze mistiche di Santa Caterina d’Alessandria, Maria Santissima Assunta in Cielo.
Nella Sacrestia: Anime purganti. In locali adiacenti alla sacrestia sono custodite le due “Vare” per il trasporto in processione del simulacro di Maria SS. Di Giubino; una d’argento, l’altra di legno.